研究院采用理事会运作模式，由郭孔辉院士担任理事长，卢荡教授担任常务副理事长兼秘书长，机械与汽车工程学院和电子电气与物理学院（业务相关）院领导担任分管副理事长。下设综合办公室及若干研究室。